O Superior Tribunal de Justiça tem entendimento de que, nos termos do disposto no art. 44 da Lei nº 5.991/1973, cabe ao órgão de vigilância sanitária a atribuição de licenciar e fiscalizar as condições de funcionamento dos estabelecimentos farmacêuticos, no que tange ao cumprimento de padrões sanitários relativos ao comércio exercido e aos Conselhos Regionais de Farmácia compete a fiscalização do exercício profissional dos farmacêuticos, bem como a aplicação de eventuais punições decorrentes de expressa previsão legal, não se confundindo a competência funcional do Conselho com a de Vigilância Sanitária:
Assim, o CRF deve se limitar a área de vendas das farmácias e drogarias, onde poderá realizar as fiscalizações de sua competência, ou seja, a verificação da manutenção, durante todo o período de funcionamento dos estabelecimentos, de profissional legalmente habilitado.
A competência funcional do Conselho de Farmácia (artigo 10 da Lei 3.820/60), voltada à fiscalização e regulação do exercício da profissão de farmacêutico, não se confunde com as atribuições da Vigilância Sanitária (artigo 44 da Lei 5.991/73), que tem por escopo licenciar e fiscalizar as condições de funcionamento das drogarias e farmácias, especialmente o controle sanitário dos produtos comercializados.
Assim, qualquer fiscalização realizada pelo CRF, que não seja a verificação da presença dos farmacêuticos em período integral no estabelecimento, exorbita sua competência e é passível de anulação.
Tal entendimento já foi compartilhado em decisões dos Tribunais Regionais Federais, pois a Administração Pública possui limites, que não está livre para fazer ou deixar de fazer algo de acordo com a vontade do agente público, devendo obedecer os limites previstos em Lei Ordinária.